島原城由松倉茂政公自 1618 年（元和四年）起歷時七年建造而成。以五層樓高的城樓為中心，在本丸和二之丸地區建造了 16 座大小砲塔，在外圈的重要位置建造了 31 座平砲塔。

這座城堡被總長 5320 公尺的大型八幡山城牆所環繞，是一座融合了江戶時代早期的石牆建造技術和桃山時代的城堡建造風格（包括廊橋和鏡石群）的宏偉城堡。

後來，島原又經歷了1637 年（寬永十四年）的"島原-天草之亂"的戰亂，儘管在1792 年（寬永四年）經歷了備前大崩潰和海嘯的"島原 在肥後造成了相當大的困擾"的歷史災難，但島原作為島原氏族的所在地，一直延續了250 年，島原也成為了島原半島的政治、經濟和文化中心。

1873 年（明治6 年），根據"廢城令"，島原城被賣給了私人，城樓和砲台遺憾地在1876 年（明治9 年）被拆除，但城樓在1964 年（昭和39 年） 得到了修復，島原城成為島原市民的驕傲。